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Einleitung: Die molekulargenetische Charakterisierung von Prostatakarzinomen (PCa) im Rahmen von molekularen Tumorboards (MTBs) oder gezielter (BRCA1/2) Genanalyse kann für den Einsatz zielgerichteter Therapien wie PARP-, mTOR- oder Checkpoint-Inhibitoren eingesetzt werden. Basis für diese Analysen sind überwiegend Prostatektomiepräparate oder Stanzbiopsien, seltener Metastasenbiopsien. In dieser Studie haben wir geprüft, inwieweit zellfreie (cf)DNA mit der enthaltenen Tumor-DNA ebenfalls ein aktuelles und umfassendes Bild über die momentane genetische Situation des Tumors gibt und für Therapieentscheidungen herangezogen werden kann.

Methodik: Wir führten eine gezielte cfDNA-Sequenzierung bei 49 Patienten mit lokal fortgeschrittenem oder metastasierten Pca durch. Das Genpanel umfasste 99 Gene, die 380 kbp DNA überspannen. Die mediane Sequenziertiefe war 2100-fach. Ein standardisierter bioinformatischer workflow wurde benutzt, um kurze Sequenzvarianten zu identifizieren (SNPs, Indels, Subsitutionen). Informationen zu den Primärtumoren wurden den MTBs entnommen.

Ergebnisse: In den 49 Einzelproben konnten insgesamt 1606 Varianten identifiziert werden, von denen 518 als pathogen oder wahrscheinlich pathogen klassifiziert sind. Die am häufigsten von Varianten betroffenen Einzelgene waren TP53, PTEN und der Androgenrezeptor. Von 47 Patienten lagen die MTB-Daten aus dem Tumorgewebe vor (31x Sequenzierung mit TST170 oder TSO500; 16x gezielte BRCA1/2 Analytik). Die Sensitivität der cfDNA-Sequenzierung zur Detektion pathogener Varianten in BRCA1 oder BRCA2 betrug dabei 80% und für 10 non-BRCA-HRR-Gene sogar 86%. Nicht im Gewebe beschriebene Mutationen in den BRCA- oder non-BRCA-HRR-Genen konnten in 40% (BRCA1/2) bzw. 21% (non-BRCA-HRR Gene) mit der cfDNA Sequenzierung nachgewiesen werden.

Schlussfolgerung: Mit einer cfDNA-Sequenzierung ist es möglich, einen umfassenden Katalog genetischer Variation zu erstellen, ohne dabei den Primärtumor analysieren zu müssen. Die in molekularen Tumorboards diagnostizierten pathogenen Veränderungen in BRCA1/2 und non-BRCA-HRR-Genen werden mit hoher Sensitivität in der cfDNA Analytik (80% bzw. 86%) gefunden. Die cfDNA-Analytik berichtet deutlich höhere Raten an pathogenen Varianten sowohl in BRCA1/2- als auch den non-BRCA-HRR Genen.