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Die RNA-Sequenzierung (RNA-seq) ist ein hochsensitives Verfahren zur Transkriptomanalyse, das die präzise Quantifizierung der Genexpression innerhalb einer biologischen Probe ermöglicht. Während bulk-RNA-seq-Ansätze aggregierte Expressionsprofile eines Gewebehomogenats liefern und somit den Mittelwert über alle enthaltenen Zellen abbilden, erlaubt die single-cell-RNA-seq (scRNA-seq) die Dekonvolutionsanalyse zellulärer Heterogenität sowie die Identifizierung distinkter Zellzustände auf Einzelzellebene. Mithilfe bioinformatischer Dekonvolutionsalgorithmen wie xCell lassen sich Zelltyp-Anteile mittlerweile auch direkt aus bulk-RNA-seq-Daten der Hornhaut ableiten, was eine detaillierte Untersuchung der Gewebezusammensetzung auch ohne den Einsatz von Einzelzellsequenzierung erlaubt.

In der kornealen Forschung führte der Einsatz dieser Technologien in den letzten Jahren zur Etablierung hochauflösender Zellatlanten, wodurch spezifische Marker für z.B. limbale Stammzellpopulationen definiert und die molekulare Architektur der Hornhaut präzisiert wurden. Über die deskriptive Kartierung hinaus ermöglichten transkriptomische Profile die Identifizierung dysregulierter Signalwege bei Erkrankungen wie dem Keratokonus oder der Fuchs Endotheldystrophie, was die Voraussetzung für die Entwicklung präziserer molekularer Diagnostika und innovativer regenerativer Therapiestrategien bildet.